为探究基于SNP芯片猪早期选留基因型填充效果，本试验通过猪50K液相芯片对2 277头长白种猪进行检测，将2022年7月前出生的1 561头种猪作为50K液相芯片检测个体，从2022年7月及以后出生的716头种猪中筛选0%、5%、10%、15%、20%、30%、40%、50%、60%的种猪作为50K液相芯片检测个体，其余根据10K芯片位点信息抽取位点作为10K芯片检测个体。使用Beagle V5.4将10K芯片填充至50K芯片，重复10次。结果表明，与50K芯片相比，10K芯片各染色体标记数减少，平均间距增加，但各SNP间的连锁不平衡程度变化较小。将早期选留群体中的芯片检测比例从0%提升至60%的过程中，基因型一致性从0.942提升至0.986，相关系数从0.901提升至0.975。芯片检测比例从0%提升至5%时，基因型一致性与相关系数提升幅度最大。随着次等位基因频率（Minor Allele Frequencies,MAF）的提升，基因型一致性逐渐降低，同一MAF下不同检测比例基因型一致性变化逐渐增大。结果表明在早期选留阶段将基因芯片从10K填充至50K是可实施的，在早期选留群体中筛...