睾丸是雄性动物精子发生和激素分泌的重要器官。本研究选择瘦肉型大白猪和脂肪型青峪猪为研究对象，比较瘦肉型和脂肪型种公猪的睾丸形态差异和精子活力，利用高通量转录组测序技术鉴定2个品种种公猪睾丸中的基因表达水平，对鉴定到的差异基因进行生物学功能分析。结果表明，瘦肉型猪的睾丸显著大于脂肪型猪的睾丸，2种猪有着不同的基因转录模式，与瘦肉型猪相比，在脂肪型猪的睾丸中鉴定出1 367个基因表达上调、907个基因表达下调，其中表达下调的基因显著富集到了类固醇激素生物合成、生殖细胞发育、精子发育、精子发生等影响种公猪繁殖力的重要通路。HSD11B2、HSD11B1L、HSD17B3、HSD17B6、CYP1A2等是影响脂肪型猪类固醇激素生物合成过程的关键基因，TNP1、PRM2、PLD6、DHH、GGT、NR0B1、SYCE3等是影响脂肪型猪精子发生过程的关键基因。本研究对理解脂肪型猪和瘦肉型猪的繁殖力差异有一定意义，为种公猪遗传选育提供了理论依据。