丰富的绵羊品种是我国宝贵的遗传资源，保护与管理不到位是造成品种资源数量下降以及绵羊生产性能降低的主要原因，为充分保护和利用绵羊资源、提高生产性能，利用分子技术开展绵羊遗传育种研究已成为主流。微卫星标记技术是一种普遍应用的分子标记辅助育种手段，虽在自动化水平方面具有一定的局限性，但其具有信息量大、分布广、多态性高、成本低等优势，在畜禽遗传育种研究领域发挥着不可替代的作用，不断发展的高通量测序技术对微卫星标记技术带来了极大的推动作用。本文主要介绍了微卫星标记的作用机制、特征、基于高通量测序技术的筛选及检测分析方法等，重点综述了微卫星标记技术在绵羊遗传多样性评估、群体遗传结构分析、遗传图谱构建、亲权鉴定、杂种优势推测等方面的应用进展，以期为更好地应用微卫星标记技术开展绵羊遗传育种研究工作提供参考。