本实验旨在对部分河南地方猪和藏猪筛选全基因组选择信号，研究它们之间的遗传分化情况和基因交流情况。实验基于淮南猪、南阳黑猪、确山黑猪、河南野猪、藏猪以及中国野猪6个猪品种共计66个个体的全基因组重测序数据，通过多种软件对重测序数据进行群体结构分析和选择信号分析，同时利用TreeMix软件对河南地方猪与藏猪进行基因流分析。结果显示：河南地方猪、藏猪与野猪的遗传关系比较远，而河南地方猪和藏猪之间的遗传关系较近。通过群体分化指数（Fixation indices,Fst）方法进行选择信号分析，并对分析结果进行基因功能注释和富集分析，共找到369个基因，GO和KEGG富集分析显示，这些基因主要富集于RNA聚合酶II对转录的负调控通路、神经营养因子信号通路等通路，通过查阅文献得到47个与重要性状相关的候选基因。基因流分析显示藏猪与确山黑猪有基因交流情况。