转录组是研究细胞表型和功能的重要手段。单细胞转录组测序（Single-cell RNA-Sequencing,scRNA-seq）技术构建了每个细胞的表达谱，充分反映细胞的异质性；空间转录组（Spatial Transcriptomics,ST）技术能解析三维空间上的细胞表达信息，进一步推进对组织原位细胞真实基因表达的研究；2项技术结合可构建起具有高分辨率和多维度的细胞表达图谱。目前，这2项技术已在众多生物学研究领域得到应用，但在畜禽上仍处于起步阶段。本文介绍了scRNA-seq技术和ST技术的基本原理、检测和分析方法，并综述了2项技术在牛、猪、羊和鸡等畜禽上的研究应用，为今后更多地在畜禽上应用单细胞转录组和空间转录组测序技术提供参考。