本研究旨在鉴定细毛羊主要经济性状相关的分子标记，以462只1岁鄂尔多斯细毛羊母羊为实验动物，联合DNA混池测序和Snapshot技术，检测KAP15-1基因和KAP27-1基因多态性。采用SAS 9.2对非同义突变位点和鄂尔多斯细毛羊羊毛性状进行相关性分析，利用DNASTAR软件预测蛋白质二级结构。结果显示：KAP15-1基因的SNP1突变位点对羊毛纤维直径标准差和纤维直径变异系数有显著影响；SNP1突变位点对蛋白质二级结构的影响集中在60～80号氨基酸之间。KAP27-1基因的SNP3突变位点对羊毛平均纤维直径有显著影响，对纤维直径标准差和剪毛前体重影响极显著；SNP3突变导致的蛋白质二级结构变化分布在整个氨基酸序列上，但是集中在Beta、Turn、Coil Regions和Antigenic Index部分。综上，KAP15-1基因的SNP1突变和KAP27-1基因的SNP3突变影响鄂尔多斯细毛羊羊毛纤维直径，在实际育种中可作为该性状的潜在分子标记。