为更好地了解奶山羊在世代更替中的遗传谱系，避免因错误谱系记录造成群体近交程度过高，本研究利用液相SNP芯片标记技术确立羊群遗传谱系及其亲缘关系。通过简化基因组测序，对25个不同种群的崂山奶山羊基因组DNA样本进行分析，挑选出1 792个SNP多态性位点，再通过靶向测序基因型分型，合成低通量的探针，最后对探针进行相应的捕获测试，开发出检测崂山奶山羊遗传基因的低密度液相SNP芯片。将该液相芯片应用于300只崂山奶山羊群体的血缘关系鉴定，与已知300只奶山羊系谱记录的亲缘关系进行对比，发现结果高度吻合，证明此芯片具有很高的准确性。本实验开发出均一性高、位点多态性好的低密度液相芯片技术，可专门用于崂山奶山羊亲缘关系鉴定，从而更好地指导奶山羊的选种选配。