为挖掘新的云上黑山羊高繁品系选育分子标记，研究选取前期GWAS分析获得的位于11号染色体上2个与产羔性状潜在关联位点附近区段内的103个SNPs进行单倍型构建，并与产羔性状进行关联分析。结果显示：位点rs26823728上下31 028 376～32 965 139 bp区段内构建出3个单倍型块（b1、b2、b3）11种单倍型，位点rs268284511上下47 008 354～48 991 484 bp区段内构建出6个单倍型块（d1、d2、d3、d4、d5、d6）21种单倍型；关联分析结果表明，单倍型d1-GG、d2-AA与第2胎产羔数有极显著关联，对该性状具有上调作用，而单倍型d2-TG与第2胎产羔数也有极显著关联，但对该性状具有下调作用；单倍型d6-AGCA与第2胎产羔数关联显著，对该性状具有上调作用，而单倍型d6-AGCC与平均胎产羔数关联显著，对该性状具有下调作用。综上，本研究从云上黑山羊11号染色体上筛选出4个与产羔性状显著关联的单倍型、8个位点并注释到SMYD1、RMND5A、GNLY、SFTPB和USP39 5个基因上。