本研究针对椰岛黑猪（巴克夏猪×屯昌猪）的培育，基于亲本的遗传变异信息，利用QTL数据库、基因功能研究结果构建了亲缘指数选择法（Kinship Index based Selection,KIS），并采用KIS法计算椰岛黑猪G4、G5世代亲缘指数（Kinship Index,KI），指导G4～G5世代选育。为评价KIS法的应用效果，首先采用一步法最佳线性无偏预测分析G0～G5世代总产仔数育种值；第二，采用群体遗传分化指数（F-statistic,Fst）、基因富集分析等方法分析G5世代的育种效果。结果发现，G4～G5世代的繁殖性能IBS和总产仔数育种值趋势相同，都具有选育进展。在G5世代育种效果中，椰岛黑猪遗传巴克夏猪的胴体性状较多，遗传屯昌猪的肉质性状较多，认为椰岛黑猪继承了亲本较多的优良性状。最终研究结果表明KIS法的应用对椰岛黑猪的培育具有一定的积极意义。