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中国畜牧杂志

中国畜牧杂志  >>  2024 VOL.60  >>   Issue(4)   >>  116-122

遗传育种

基于70K SNP芯片评估牙山黑绒山羊保种群体的遗传结构

周东辉;张昌政;张任豹;姜雪城;王子鹏;高霄霄;董焕声;柳楠;贺建宁;周李生;

作者单位:

青岛农业大学动物科技学院

作者简介:

周东辉(1998-),男,山东五莲县人,在读硕士研究生,主要从事地方畜禽品种保护与开发等研究,E-mail:zdh1165@163.com;

通讯作者:

*贺建宁,教授,E-mail:hexingxing104@163.com;*周李生,博士,E-mail:zls123668@qq.com;

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摘要
闭合
试验旨在探究牙山黑绒山羊核心种群的遗传多样性,分析群体遗传结构和群体内个体间的亲缘关系,并评估保种效果。使用GGP Goat 70K芯片对50只牙山黑绒山羊(公母各25只)核心群个体进行SNP分型,并使用Plink进行质控后,开展遗传多样性分析、群体亲缘关系分析以及群体家系结构分析。结果显示质控后共获得54 668个SNPs位点用于后续分析。遗传多样性分析结果为:各标记位点的最小等位基因频率为0.2541,平均期望杂合度为0.3263,平均观察杂合度为0.3292,多态信息含量为0.3263,多态性标记比例为85.85%,表明牙山黑绒山羊核心种群遗传多样性丰富。群体亲缘关系分析结果表明:该群体的ROH平均长度为9.89 Mb,46.94%为5~10 Mb的片段,基于ROH的平均近交系数为0.074 7,近交程度较低。主成分分析可见,该核心群可分为3个亚群;群体的平均IBS遗传距离为0.309 0,与G矩阵结果相似度较高,说明个体间的亲缘关系较近。群体的家系结构分析结果提示公羊大致可分为3个群体,10个家系,与主成分分析结果一致;其中一个家系中公羊多达16只,揭示各家系间个体数差异明显,...
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期刊名称:中国畜牧杂志

创办日期:1953年

主管部门:中国科学技术协会

主办单位:中国畜牧兽医学会

刊期:月刊

电话:010-62732723;010-82893431;010-62734608

Email信箱:zgxmzz@cau.edu.cn

国内统一刊号:CN 11-2083/S

国际标准刊号:ISSN 0258-7033