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中国畜牧杂志

中国畜牧杂志  >>  2026, VOL.62  >>   Issue(10)   >>  225-237

遗传育种

基于全基因组重测序技术挖掘新疆夏洛莱牛体尺性状关联候选基因

白志涛;李建军;蒋烈戈;彭健;苏政;刘鹏;赵博;

作者单位:

1.新疆生产建设兵团第九师农业科学研究所(畜牧科学研究所)2.新疆生产建设兵团第九师165团

作者简介:

白志涛(1997),男,江苏常州人,助理研究员,硕士,主要从事动物遗传育种与繁殖研究,E-mail:434984363@qq.com;

通信作者:

*李建军(1983),男,四川射洪人,本科,副研究员,主要从事动物遗传育种研究,E-mail:254890790@qq.com;;*蒋烈戈(1972-),湖南东安人,本科,研究员,主要从事动物遗传育种研究,E-mail:348937242@qq.com;

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摘要
闭合
本文旨在基于全基因组重测序(Whole Genome Resequencing,WGRS)技术,系统挖掘并定位调控新疆夏洛莱牛体尺性状的关键候选基因及其生物学功能,为新疆夏洛莱牛的种质改良、选育提升及资源开发利用提供科学依据。以450头新疆夏洛莱牛为试验材料,测定体高、胸围和管围共3个体尺性状的表型数据,依托WGRS技术完成全基因组测序。利用SAMTOOLS软件完成单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)位点检测,通过PLINKV1.90软件开展数据质控,最终采用GEMMA的线性混合模型(Linear Mixed Model,LMM)完成体尺性状的全基因组关联分析(Genome Wide Association Study,GWAS)。本研究共获得到6 757.84 G原始测序数据(Raw Data),质控后得到6 629.52G有效清洁数据(Clean Data),最终鉴定得到12 706 458个SNP位点。GWAS关联分析结果显示,在P<1×10 -5 的显著阈值下,3个体尺性状共筛选获得308个显著关联SNP位点。其中,胸围性状关联的显著SNP位点数量最多,共计143个,体高和管围性状分别鉴定得到115个和50个显著关联SNP位点。通过全基因组功能注释,共筛选获得2 294个体尺性状相关候选功能基因,主要涉及NTN4、EIF4H和ABHD16A等基因。本研究结果系统揭示了新疆夏洛莱牛胸围、体高和管围性状的潜在遗传调控位点与关键基因,为深入解析肉牛体尺性状的遗传调控机制与分子通路提供了重要研究线索,同时可为新疆夏洛莱牛分子标记辅助育种、肉牛新品种培育及种质资源高效利用提供坚实的数据支撑与理论参考。
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期刊名称:中国畜牧杂志

创办日期:1953年

主管部门:中国科学技术协会

主办单位:中国畜牧兽医学会

刊期:月刊

电话:010-62732723;010-82893431;010-62734608

Email信箱:zgxmzz@cau.edu.cn

国内统一刊号:CN 11-2083/S

国际标准刊号:ISSN 0258-7033