为探究兴义矮脚鸡Nrf2基因编码序列（CDS）的单核苷酸多态性（SNPs）及其对编码蛋白结构与功能的影响，本研究以120只健康成年兴义矮脚鸡为试验材料，通过PCR扩增Nrf2基因CDS区并结合测序技术鉴定SNPs，利用生物信息学方法分析该蛋白的理化特征、结构功能及蛋白互作关系，明确氨基酸变异对蛋白特性的影响。结果显示，兴义矮脚鸡Nrf2基因CDS区共鉴定出C729G、C930T等7个SNPs。该基因编码582个氨基酸，编码蛋白为不稳定蛋白，二级结构以无规则卷曲为主，占比53.95%；蛋白共含66个磷酸化位点，包括17个苏氨酸、45个丝氨酸和4个酪氨酸磷酸化位点。序列保守性分析表明，Nrf2蛋白核心功能域高度保守，且存在禽类特异性保守位点。蛋白稳定性分析发现，N243E、T403A 2处氨基酸突变的ΔΔG绝对值均大于2.092 kJ/mol，可降低蛋白稳定性。蛋白互作分析证实，Nrf2蛋白与MAFG、EIF2AK2、GSK3B、HO1等10种蛋白存在相互作用。SNPs引发的氨基酸变异未改变蛋白三级结构，但使α-螺旋占比减少1.33%、β-折叠占比增加0.68%，同时减少2个磷酸化位点。综上，兴义矮脚鸡Nrf2基因CDS区SNPs位点具备功能保守性，氨基酸变异不影响蛋白核心结构与基本功能，或通过调控磷酸化修饰改变蛋白活性。本研究为解析Nrf2基因调控禽类氧化应激的分子机制提供了理论依据。