为加快我国鹅种质资源的分子选育进展，本研究整合国内外19个地方鹅种共278个样本的全基因组重测序数据，设计了一款基于靶向测序基因型检测技术的地方鹅20K液相育种芯片。该芯片共筛选出20 293个变异位点，在基因组范围内的平均间距为40 kb。遗传评估显示，位点平均多态信息含量（PIC）为0.289 6,PIC>0.25的SNP位点占比达95.12%。平均最小等位基因频率（MAF）为0.2359,93.74%的位点MAF分布在0.2和0.3之间，表明标记具有良好的多态性。基于芯片数据的系统进化树清晰揭示了群体内家系聚类与群体间亲缘关系；主成分分析（PCA）与Admixture协同分析不仅成功区分了鸿雁和灰雁类群，还精细解析了国内地方鹅的血统背景与亚群结构。该液相芯片展现出高效的遗传解析能力，可应用于地方鹅早期分子标记辅助选择与品种鉴定，对于提升基础群体构建质量和育种效率具有重要意义。