本研究旨在揭示金黄色葡萄球菌（简称金葡菌）刺激下奶牛乳腺上皮细胞（Mammary Epithelial Cells,MAC-T）、乳腺组织及外周血单个核细胞（Peripheral Blood Mononuclear Cell, PBMC）中关键抗菌肽基因的免疫功能。设置细胞、个体和群体3个试验水平，分别以MAC-T细胞、奶牛乳腺样本、PBMC样本为试验材料，进行转录组测序及分析。通过分析金葡菌处理组/感染组与对照组中差异表达（Log2|Fold change|>1,P<0.05）的抗菌肽基因与RNA表观修饰基因的表达模式和相关性，结合经典促炎因子基因与抗菌肽基因的表达相关性分析，探究抗菌肽基因在免疫应答中的作用。结果显示，金葡菌处理组的MAC-T细胞中抗菌肽基因S100A12、S100A9的表达量显著上升，且与差异表达的RNA修饰基因TET2和YTHDF2呈负相关（P<0.05）。在个体水平，金葡菌处理后的乳腺组织中，抗菌肽基因S100A12、S100A9的表达量也显著上升，其中S100A12与RNA修饰基因（TET2和YTHDF2）呈显著负相关。奶牛群体中，在PBMC里发现了一个差异表达的抗菌肽基因（LTF），同时发现S100A12、S100A9与促炎因子（TNF-α、IL-1β、IL-6）的基因表达量呈显著负相关趋势。结果提示，金葡菌感染后，奶牛乳腺组织、MAC-T细胞以及血液PBMC中表达量显著变化的抗菌肽基因和RNA表观修饰基因，协同参与了宿主的免疫防御。本研究鉴定的关键抗菌肽基因为奶牛金葡菌乳房炎的防控及精准选育改良提供了重要信息。