菌藻共生系统作为一种光能驱动的绿色水处理技术，该系统通过菌藻协同代谢，在高效去除畜禽养殖废水中污染物的同时，实现资源回收与二氧化碳固定，契合低碳水处理与能源资源循环利用的发展需求，因而在可持续畜禽养殖废水处理领域备受关注。本文系统阐释了菌藻共生体系中的营养交换等协同机制，重点分析了细菌-微藻、真菌-微藻及多菌-多藻系统对污染物的去除路径与处理效能；进一步探讨了光照、pH、温度、菌藻接种比例与碳氮比（C/N）等关键运行参数的优化策略，评估了该系统在生物质资源回收与碳减排方面的潜力。最后，对该技术未来发展方向进行了展望，以期为推动菌藻共生系统在畜禽养殖废水低碳处理与资源化工程应用提供参考。