低密度脂蛋白受体基因（Low-density Lipoprotein Receptor,LDLR）和载脂蛋白E基因（Apolipoprotein E,APOE）是维持脂质代谢平衡的关键基因，但其对肠道菌群的调控作用及与脂代谢紊乱之间的关系尚不明确。本研究以LDLR和APOE双基因敲除猪为研究对象，采用16S rRNA高通量测序技术，系统分析胃、十二指肠、空肠、回肠、盲肠和结肠中微生物群落组成与多样性的变化特征。结果显示，LDLR -/- /APOE -/- 猪肠道黏膜完整性受损，绒毛高度、隐窝深度及绒毛隐窝比值均发生显著改变。与野生型猪相比，LDLR -/- /APOE -/- 猪胃肠道微生物的Alpha多样性和Beta多样性无显著差异，群落整体结构保持相对稳定；优势菌门均以Firmicutes、Bacteroidota和Proteobacteria为主。然而，在属水平上，LDLR -/- /APOE -/- 猪胃肠道菌群表现出显著的肠段异质性。差异菌属主要包括Chryseobacterium、Stenotrophomonas、Delftia和Escherichia.Shigella，并主要富集于小肠区段。功能分析显示，差异菌群显著富集于脂质代谢相关通路。综上，LDLR和APOE双基因敲除可导致猪肠道组织结构损伤，并对胃肠道微生物的影响具有肠段异质性，主要影响猪胃和小肠的微生物。这种对微生物影响的差异性也可能与小肠菌群参与宿主脂质代谢有关。