本研究利用30×全基因组重测序数据挖掘6头来自不同家系黔东花猪的SNP和InDel突变位点，结果表明：共检出23 408 674个SNP和5 555 439个InDel，均主要分布于基因间区和内含子区；SNP主要突变类型为C:G→T:A和T:A→C:G，占比合计达69.93%;SNP在各号染色体上的分布密度均整体高于InDel,1号染色体上的SNP和InDel的数量最多，Y染色体上的突变最少；群体近交系数为-0.291 7，多态信息含量为0.271 7，基于ROH的平均近交系数为0.003 99，表明群体杂合子过剩，遗传多样性丰富，近交风险处于较低水平；选取1号染色体上位于CDS区的SNP和InDel定位到的352个基因进行GO和KEGG富集分析，结果发现其显著富集在NK细胞激活、STAT蛋白磷酸化调控和dsRNA应答等GO条目，以及坏死性凋亡、RIG-I样受体信号通路、JAK-STAT信号通路、NK细胞介导的细胞毒性通路，涉及IFNA1、IFN-ALPHA-1、MLKL、RIG-I、KLRK1、IFN-ALPHA-13等免疫关键基因，提示1号染色体上的遗传变异与黔东花猪抗逆性密切相关，研究结果为黔东花猪种质资源保护提供了科学资料。