含有SET和MYND结构域的蛋白3(Set and Mynd Domain-Containing Protein 3,SMYD3)具有组蛋白H3第4位赖氨酸（Histone H3 Lysine 4,H3K4）甲基化转移酶活性，参与DNA甲基化和组蛋白修饰，进而影响基因表达和细胞功能。为了探讨SMYD3基因的反转录转座子多态性对猪生长性能的影响，本文应用比较基因组学和生物信息学方法，挖掘猪SMYD3基因的反转录转座子插入多态位点，采用PCR方法验证不同品种猪中是否存在插入多态性，并将该基因型与大白猪生产性能进行关联分析。结果显示，在SMYD3基因第5内含子区存在1个反转录转座子多态性位点，群体多态性检测发现，该位点多态性较高。哈代-温伯格平衡检验结果显示，大白猪、苏山猪、苏姜猪、二花脸猪都偏离平衡（P<0.05）。在大白猪群体中进行生产性能关联分析发现，LINE插入多态显著影响屠宰体重和达100 kg体重日龄。本研究结果为该分子标记在猪分子育种实践中的应用提供了参考。