本研究以7月龄的姜曲海猪和杜长大商品猪为研究对象，测定其肌内脂肪（Intramuscular Fat,IMF）含量，利用脂质组学和转录组学分析鉴定差异累积脂质和差异表达基因，综合脂质组学与转录组学相关性分析、候选基因分析和分子标记鉴定分析筛选影响姜曲海猪IMF含量的候选基因位点。结果显示，姜曲海猪体重显著低于杜长大商品猪；姜曲海猪背最长肌（Longissimus Dorsi Muscle,LD）和腿肌（Leg Muscle,LM）的IMF含量分别显著高于杜长大商品猪LD和LM的IMF含量。姜曲海猪LD与杜长大商品猪LD(JQH＿LD＿vs＿DLY＿LD)之间有238种差异累积脂质和394个差异表达基因；姜曲海猪LM与杜长大商品猪LM(JQH＿LM＿vs＿DLY＿LM)之间有338种差异累积脂质和450个差异表达基因。对JQH＿LD＿vs＿DLY＿LD和JQH＿LM＿vs＿DLY＿LM的差异累积脂质和差异表达基因分别取交集后进行相关性分析，JQH＿LD＿vs＿DLY＿LD和JQH＿LM＿vs＿DLY＿LM之间共有的99种差异累积脂质与共有的151个差异表达基因显著相关。其中IGF2基因的2:1475324 A>C、2:1479798 G>A、2:1479807 G>T位点显著影响姜曲海猪的IMF含量，2:1479798 G>A和2:1479807 G>T完全连锁。综上所述，姜曲海猪与杜长大商品猪在脂质组学和转录组学上存在差异，2:1479798 G>A、2:1479807 G>T可作为提高姜曲海猪IMF含量的辅助选育分子标记。本研究为猪的分子育种提供了重要的理论依据。