本试验旨在研究莆田猪与杜长大猪脂肪沉积差异和肠道菌群多样性，选取日龄相近的莆田猪和杜长大猪，测定背膘厚和板油重、肌内脂肪含量（Intramuscular Fat,IMF）、甘油三酯含量（Triglyceride,TG）及16S rRNA、宏基因组测序开展对比试验。结果显示，莆田猪背膘厚、板油重以及背最长肌中IMF和TG含量均高于杜长大猪（P<0.01）；不同部位脂肪标记基因表达水平也存在差异，莆田猪多个调控脂肪合成、水解及脂肪酸转运的基因表达水平均高于杜长大猪（P<0.05）。莆田猪肠道菌群多样性总体低于杜长大猪，同时两者丰度差异显著。杜长大猪拟杆菌门（Bacteroidetes）的相对丰度高于莆田猪（P<0.05），两者厚壁菌门（Firmicutes）的相对丰度差异不显著。乳杆菌属（Lactobacillus）是莆田猪的核心菌属，Lactobacillus＿rodentium和Lactobacillus＿agrestimuris等多个菌种具有显著优势。普雷沃氏菌属（Prevotella）是杜长大猪的核心菌属，Prevotella＿denticola和Prevotella＿pectinovora等多个菌种具有显著优势。结果表明莆田猪与杜长大猪脂肪沉积水平和肠道菌群存在显著差异，研究成果将为理解莆田猪优良肉质性状形成机制提供新见解。