猪蹄异常（Hoof Abnormalities）作为典型的复杂性状，受微效多基因和环境因素共同调控，严重影响猪的使用寿命和繁殖性能。本研究通过采集蹄异常和健康大白猪（蹄异常295头，蹄健康319头）、长白猪（蹄异常91头，蹄健康72头）毛样，使用50K液相芯片进行基因分型，对分型结果进行质量控制，采用病例-对照全基因组关联分析（Genome-wide Association Study,GWAS）模型，使用REGENIE进行单群体GWAS。结果显示，大白猪群体共检测到8个显著关联位点，长白猪未检测到显著位点。根据结果使用METAL（基于样本量加权的Z-score法）进行全基因组关联荟萃分析（Meta-genome-wide Association Study,Meta-GWAS），以FDR<0.05作为显著位点阈值，共鉴定到26个显著位点，分布在1、2、7、9、10、11和16号染色体。选择在2个群体中共有的25个显著位点，以SNP为中心，向上下游扩充100 kb共找到50个候选基因，结合基因富集分析，鉴定到UGCG和OSBP与蹄异常存在关联，可作为重要候选基因。