为了解发酵床微生物多样性，探究发酵床对猪肠道稳态的调控作用，本试验利用宏基因组学技术对发酵床垫料、发酵床和非发酵床饲养三元猪（杜洛克、长白和大白）直肠粪便样本微生物DNA进行高通量测序。结果显示：在发酵床饲养和非发酵床饲养模式的三元猪中鉴定到的主要优势微生物菌门均为厚壁菌门，优势菌属分别为乳杆菌属和梭状芽孢杆菌属；发酵床垫料中主要优势微生物菌门为放线菌门和假单胞菌门，主要优势微生物属为滕黄单胞菌属。发酵床垫料的微生物多样性显著高于其他2种模式饲养猪肠道微生物多样性，发酵床与非发酵床饲养猪肠道微生物群落也存在显著差异。其中非发酵床饲养猪肠道显著富集古广菌门；发酵床饲养猪肠道显著富集厚壁菌门；发酵床垫料中显著富集放线菌门和变形菌门等6个微生物菌门，而乳杆菌属微生物在发酵床饲养猪肠道显著富集。功能分析结果显示，碳水化合物代谢和氨基酸代谢最丰富，发酵床饲养猪肠道微生物的代谢途径丰度显著高于非发酵床饲养猪的代谢途径。发酵床饲养猪肠道和垫料微生物中分别显著富集到GH13和GT4。发酵床饲养猪肠道病原体丰度显著高于非发酵床饲养猪。非发酵床饲养猪肠道微生物中显著富集APH(3')-IIIa、SAT＿4、CfrE、tet(44)、LnuP；发酵床饲养猪肠道微生物中显著富集tetO、tet(o/w/32/o)、tet(40)、tetL、fexA、dfrG、optrA、tet(32)。相关性分析显示，非发酵床饲养猪肠道中的苏黎世杆菌属和梭菌属6种差异微生物属与多种抗生素耐药基因存在相关性，发酵床饲养猪肠道中的普雷沃氏菌属和乳杆菌属等6种差异微生物属与多种抗生素耐药基因存在相关性。本研究通过发酵床饲养模式能够提高猪肠道中乳酸杆菌等益生菌的丰度，且抑制病原菌的竞争优势，促进肠道菌群保持动态平衡，结果可为从菌群调控角度降低细菌耐药性提供新思路。