作为绵羊生产中重要经济性状的饲料效率可通过剩余采食量（Residual Feed Intake, RFI）间接评估，但湖羊RFI存在差异且其分子调控机制尚不明确，因此探究RFI的分子机制对培育高饲料效率湖羊至关重要。本研究从80只湖羊中筛选出低剩余采食量（Low RFI,LRFI）和高剩余采食量（High RFI, HRFI）湖羊各10只（n=10），利用miRNA测序技术对其耳组织进行RNA-seq测序分析，运用生物信息学筛选差异表达的miRNA，并进行靶基因预测和功能富集。结果显示，HRFI vs LRFI筛选出27个差异表达miRNA（上调3个，下调24个），其中7个miRNA的差异表达显著且均在LRFI组上调。对这7个显著差异表达miRNA预测到的178个靶基因进行功能注释及信号通路分析发现，主要涉及昼夜节律调节、Rap1信号通路等。其中，oarmiR-485-3p与oar-miR-433-3p可能通过机体免疫、应激与脂肪代谢影响饲料效率。结果表明，不同RFI湖羊miRNA表达存在差异，相关miRNA可能通过多种信号通路调节机体能量代谢、免疫和脂肪代谢，进而影响RFI变异。