本研究从线粒体DNA(mtDNA)序列的角度分析藏鸡遗传多样性和系统进化，以西藏山南市60只藏鸡mtDNA D-loop区全序列为分析对象，并结合NCBI下载的5个原鸡亚种、12个内地鸡品种序列，构建了系统发育树和单倍型中介网络。结果显示，藏鸡群体mtDNA D-loop区全序列的核苷酸多样性（Pi）为0.005 37±0.000 57，单倍型多样性（Hd）为0.808±0.044，核苷酸平均差异数（K）为6.616。mtDNA D-loop区1～519 bp序列Pi为0.010 96±0.001 21,Hd为0.771±0.046,K为5.690，表明藏鸡群体mtDNA属于中等遗传多样性。根据藏鸡mtDNA 1～519 bp序列13种单倍型频率分布，11种单倍型为独享型，表明藏鸡与内地地方鸡交流少，遗传结构独特，具有重要的保种价值。在系统进化上，藏鸡单倍型与滇南亚种、印尼亚种、指名亚种、印度亚种之间存在亲缘性。