脂尾性状是绵羊在高原寒冷及牧草季节性匮乏生态景观中长期适应形成的能量储备特征，但其在现代规模化养殖中的优势有限，其遗传基础仍缺乏系统解析。本研究以典型脂尾品种柯尔克孜羊为对象，结合短尾草原羊与藏羊2种瘦尾品种，采集280份全血样本，利用Ovine Infinium HD 600K SNP BeadChip进行全基因组高密度基因分型，系统解析脂尾性状的群体遗传结构并挖掘潜在选择信号。群体结构分析结果表明，柯尔克孜羊遗传背景明确且独立聚类，与瘦尾品种存在显著分化。通过FST与π-ratio联合筛选排名前5%的窗口，共筛选出423个候选基因。GO富集分析显示，这些基因主要参与水溶性维生素代谢、细胞解毒响应、消化过程及生殖结构发育等生物学过程；KEGG通路分析进一步揭示其显著富集于钴胺素转运与代谢、溶酶体、甲状腺激素合成、磷脂酶D信号通路、MAPK信号通路、趋化因子信号及肌动蛋白骨架调控等通路。蛋白互作网络分析表明，PDGFD为网络核心节点，DNAH2、ISG15、NCOA1和ANLN等基因亦呈现较高中心性，提示其在尾脂沉积的代谢与组织调控中可能发挥关键作用。本研究系统揭示了柯尔克孜羊脂尾性状的遗传分化格局及分子调控特征，为阐明脂尾形成的遗传基础和开展绵羊分子育种提供了重要参考。