试验旨在通过分析miR-409-3p的结构特征、保守性及其在西藏羊各体组织的表达水平，关键靶基因、靶蛋白互作效应以及预测miR-409-3p与关键靶基因的结合位点，解析西藏羊miR-409-3p的分子作用机制。利用miRBase数据库和NCBI提供的BLAST模块进行miR-409-3p绵羊基因组定位及保性分析；miRDB、Targetscan和Micro T预测西藏羊miR-409-3p的靶基因并取交集，微生信在线平台对预测靶基因进行GO和KEGG富集分析；STRING在线平台和Cytoscape软件构建蛋白互作网络（PPI），并筛选关键靶基因；RNAhybrid软件预测miR-409-3p与关键靶基因结合位点；GEO数据库获取miR-409-3p在西藏羊各组织表达水平的非编码RNA高通量测序读数，并将其TPM归一化处理，用以构建组织表达谱。结果发现，miR-409-3p位于绵羊18号染色体上，位于基因LOC105606646的3-'UTR区域，长度为23 nt，呈发夹状结构，种子序列为AAUGUUG，且在不同物种间高度保守；预测共获得86个靶基因，GO和KEGG富集分析显示，靶基因参与极性上皮的形态发生、组织极性建立等细胞增殖、迁移和形态变化生物过程，以及细胞器膜整合成分和蛋白乙酰转移酶结合、细胞-细胞黏附介质活性等分子功能，并参与多梳抑制复合体、血管加压素调控水重吸收、Wnt信号通路、泛素介导蛋白水解等信号通路；PPI分析共筛选到UBQLN2、UBE2N、MATR3和UBE2D2等4个关键基因，且miR-409-3p与关键靶基因存在结合位点；组织表达谱显示，miR-409-3p在西藏羊肾脏中的表达量极显著高于脾脏、肝脏、肺脏、胸肌和心脏。综上，西藏羊miR-409-3p通过靶向UBQLN2、UBE2N、MATR3和UBE2D2等关键基因参与调节内质网蛋白质加工、泛素介导蛋白水解等信号通路，在高原低氧环境下发挥生物学功能。