毛蕊异黄酮是一种存在于中草药黄芪中的黄酮类化合物，具有广泛抗炎、抗氧化以及抗肿瘤等作用。前期研究表明，毛蕊异黄酮具有调控仔猪肠道免疫力的功能，但是其对于猪肠道上皮细胞基因转录的调控机制并不清晰。为探究毛蕊异黄酮对猪肠道上皮细胞基因表达谱的影响并分析其调控规律，本研究选取5µmol/L的毛蕊异黄酮处理仔猪肠上皮细胞，收集细胞进行转录组测序分析。毛蕊异黄酮组与对照组共筛选出565个差异表达基因，包含上调差异基因221个，下调差异基因344个。其中包括免疫与炎症反应相关基因NGF、IL22RA1、CXCL2和JAK3等，并用RT-qPCR验证了在富集信号通路中选取的7个差异基因的表达水平，其表达趋势与RNA-seq结果一致。GO富集分析显示多数差异基因注释到细胞过程、代谢过程以及免疫系统过程。KEGG分析显示差异基因富集到35条信号通路（P<0.05），主要包括PI3K-Akt和Cytokinecytokine Receptor Interaction、MAPK等。本研究通过转录组学揭示了毛蕊异黄酮对仔猪肠道上皮细胞基因表达与相关调控通路的影响，为其在畜禽实际生产中的应用奠定基础。