皱皮香猪是从江香猪的变异个体，本研究旨在获得与香猪皮肤皱褶性状相关的简单重复序列（Simple Sequence Repeat,SSR）标记。采用SSR标记及群体分离分析法（SSR-BSA），以皱皮香猪（n=52）和正常香猪（n=52）为材料，在2组中挑选12头提取基因组DNA，构建皱皮香猪基因池和正常香猪基因池，利用30对SSR引物进行BSA-PCR扩增，初步得到在混池间有差异的标记，然后通过扩大群体验证标记。并对标记和性状进行相关性分析，对相关性高的标记进行测序分析。结果表明，混池初筛得到10个在基因池间有差异的标记，通过扩大群体验证，得到4个与香猪皮肤皱褶相关的SSR分子标记；相关性分析表明，4个SSR标记均与香猪皮肤皱褶性状呈极显著正相关；进而将SSR标记差异片段进行回收测序及BLAST比对，其中2个标记（SW1122,SW1134）分别位于RLBP1及FGD4基因，2个标记（SW967,SW304）则在基因间区，SW967位于OTOGL和PPP1R12A基因之间，而SW304位于FAM174B和ST8SIA2之间。筛选到的4个标记可作为香猪皱皮性状选育的分子标记，定位到的6个基因对香猪皮肤皱褶的形成都起到了重要作用，为香猪皮肤皱皮性状的候选基因。