本研究通过跨品种和跨部位的转录组分析，筛选新疆马鹿不同肌肉部位中与生长性能相关的差异基因及代谢通路，旨在识别在肌肉发育过程中共同起作用的关键基因和代谢通路，为肉用马鹿的精准育种提供分子靶点。试验选取新疆库尔勒市和昌吉市养殖场体况良好的塔里木马鹿、天山马鹿、阿尔泰马鹿公鹿各3头，分别采集6月龄和18月龄时的颈部及腿部肌肉组织样本，进行转录组测序及数据处理。结果显示，测序数据质量良好，样本间基因表达相关性高。各亚种颈部与腿部肌肉组织中存在显著差异表达基因，包括亚种特异性和共有基因。GO分析显示差异基因显著富集于生物过程、细胞组分和分子功能三大类；KEGG通路分析揭示氧化磷酸化、黏着斑等通路在不同亚种中均与生长性状相关。研究鉴定出MYLPF、MYH7、SLC39A11等关键基因，这些基因主要富集在氧化磷酸化、2-氧代羧酸代谢、黏着斑等代谢通路中，且RT-qPCR验证结果与转录组测序数据变化趋势一致。