策勒黑羊是我国南疆地方特色的绵羊品种，因人工选育工作长期进展迟缓，导致其生产性状相关分子标记的连锁程度显著低于经过系统选育的绵羊品种。为攻克优异基因稳定遗传难题，对新疆维吾尔自治区策勒县绿源羊场开展系统研究。通过严格的群体筛选，选取36只体况均一、年龄相近的策勒黑羊，采用颈静脉采血方式获取生物样本，运用DNA提取试剂盒高效获取高质量基因组DNA，并基于Illumina 50K SNP芯片技术完成基因组标记检测。利用PLINK 1.90软件进行数据过滤，剔除基因型缺失率>5%、最小等位基因频率<0.05的位点，确保数据可靠性。采用Haploview 4.2软件，以滑动窗口法对全基因组及常染色体的分子标记进行r 2 统计，系统评估连锁不平衡状态。研究结果显示，在0～10 kb的短距离区间内，染色体24、23、22和1呈现较高的r 2 值，表明这些区域基因连锁程度较强；而染色体14、20、18和6的r 2 值处于较低水平。较低的连锁不平衡程度证实了策勒黑羊在历史驯化中人工选育强度不足，保留了丰富的遗传多样性，这一发现为后续制定分子标记辅助选育方案、构建高效育种体系提供了重要理论依据。