本研究以解析宁都黄鸡的遗传结构特征、评估其近交水平并挖掘群体内选择信号为目标，旨在为宁都黄鸡的种质资源保护和遗传改良提供科学依据。试验采用“京芯1号”鸡55K SNP芯片对50只宁都黄鸡进行全基因组扫描，并从Figshare数据库下载6个江西地方鸡种（各20只）的SNP数据，包括修水黄羽乌鸡、崇仁麻鸡、东乡绿壳蛋鸡、安义瓦灰鸡、康乐鸡和广丰白耳黄鸡。基于7个群体的SNP数据，开展邻接系统发育树构建、主成分分析、群体遗传结构解析（K=2～7）、群体间分化指数（Fst）与遗传距离计算、近交系数评估，以及宁都黄鸡群体内选择信号检测。结果发现，邻接系统发育树结果显示宁都黄鸡形成独立进化分支，主成分分析表明其与安义瓦灰鸡、广丰白耳黄鸡在主成分1和2存在部分重叠。群体遗传结构分析显示，当K=7时，宁都黄鸡可被清晰界定为一个独立的遗传群体，这进一步证实了其具有独特的遗传背景。遗传分化分析揭示宁都黄鸡与崇仁麻鸡（Fst=0.12）、东乡绿壳蛋鸡（Fst=0.17）呈中等分化。遗传距离结果表明，这7个群体间的遗传距离为0.40～0.42。近交程度分析结果表明，宁都黄鸡群体近交水平较低。宁都黄鸡群体内选择信号分析鉴定到73个显著受选择区域，注释到57个功能基因，涉及神经免疫调节（CACNA1B）、肌肉发育（PAX3）和繁殖调控（ESR1）等重要经济性状通路。本研究从基因组层面阐明了宁都黄鸡的遗传特性，揭示了其独特的选择印记，为制定科学保种方案和开展分子育种提供了理论支撑。