本研究旨在研究玉山黑猪保种群体的遗传属性和结构，包含遗传多样性、近交水平、亲缘关系和家系结构，为后续选配育种和保种工作提供参考。利用中芯一号50K芯片检测69头玉山黑猪（19头猪公猪和50头母猪）全基因组SNP，利用有效群体含量、多态性信息含量、多态性标记比例、期望杂合度和观察杂合度等指标确定群体遗传多样性，通过遗传距离、亲缘关系、血统划分等方法确定群体结构，最后利用连续纯合片段分析群体近交系数。结果显示，玉山黑猪群体多态信息含量为0.158，有效群体含量为4.8，期望杂合度和观察杂合度分别为0.32和0.328，表明该群体可能有过分化或外部血缘的引入。69头玉山黑猪共鉴定到4 569个连续纯合片段（Runs of Homozygosity,ROH）,49.24%的ROH长度在1～5 Mb，平均近交系数0.25，平均状态同源遗传距离均为0.253 5,IBS距离矩阵和G矩阵都显示部分玉山黑猪种猪存在比较紧密的亲缘关系。本研究的69头玉山黑猪划分为7个家系，各个家系中种猪数量和结构不平衡。综上所述，玉山黑猪保种群体具有一定的遗传多样性，但是由于群体规模小，近交水平较高，家系结构不均衡，易导致遗传多样性的丢失和遗传缺陷的累积等问题出现。因此，有必要扩大搜索范围，引入新的血统；制订合理的选配计划和配种方案，避免公猪在家系内发生交配；平衡家系结构，利用冷冻精子技术提高保种效果。