本研究旨在从基因组层面分析现有广东小耳花猪的遗传多样性及群体结构并构建分子系谱，为其保种及开发利用提供科学依据。以51头健康的广东小耳花猪为研究对象，检测其单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism,SNP）信息，通过观测杂合度（Ho）、期望杂合度（He）、多态标记比例（P N ）、连续纯合片段（Runs of Homozygosity,ROH）等指标并进行主成分分析（Principal Component Analysis,PCA）、系统发育树（Neighbor Joining,NJ）构建等，对广东小耳花猪的遗传多样性和群体结构进行评估。结果显示：通过靶向测序筛选共得到10 203个核心SNPs,51个样本共组成1 275对亲缘关系，平均亲缘系数为0.03；保种群遗传背景较丰富：多态性标记比例为0.46、最小等位基因频率为0.12、期望杂合度为0.36、观测杂合度为0.36；遗传结构分析显示，广东小耳花猪保种群存在一定的聚类趋势，但未形成明显的分层；近交分析中，共检测到35个ROH片段，总长度为73.38 Mb，平均长度为1.44 Mb，基于ROH的平均近交系数为0.000 63；个体间的遗传距离为0.60～0.90，平均遗传距离为0.72；分子系谱构建结果显示，51头广东小耳花猪共分为9个家系。综上所述，广东小耳花猪群体没有出现明显分层，遗传多样性较高，近交程度较低。