空间转录组检测技术是一种将转录组数据与空间位置信息结合的技术，根据捕获空间信息方式的不同，其主流方法可分为3类：基于原位杂交的技术，包括原位成像与原位测序2种方法，前者能够以亚细胞级分辨率直接对目标分子可视化，但单次检测通量低且对成像仪器精度要求高；后者借助随机引物无偏结合RNA分子，但对低丰度RNA分子的检出率低。基于第二代测序技术的空间条形码技术，通过带有空间位置信息的捕获探针原位结合RNA分子，可实现全转录组水平的高通量检测，但分辨率受限于捕获探针的间距。激光捕获显微切割技术能够直接获取目标转录本，但操作较繁琐。近年来，空间转录组技术在分辨率和通量上达到了大幅提升，目前已逐渐应用于猪遗传研究中。本文简述空间转录组检测技术的发展历程、原理、分析流程，并综述该技术在猪繁殖机制解析、肌内脂肪沉积调控、肠道免疫区域分化及疾病免疫发生机制等研究中的应用，为其进一步在养猪生产中的应用提供参考。