睾丸和附睾作为精子发生、成熟及储存的核心器官，其基因表达模式与精液品质的分子调控机制密切相关。本研究以230日龄健康公鸭为对象，通过精液品质分析筛选出高、低品质组个体，利用RNA-Seq技术对睾丸和附睾组织进行转录组测序，结合生物信息学分析和qPCR验证，系统揭示与精液品质相关的基因表达特征及调控网络。高、低精液品质组睾丸和附睾组织分别鉴定出344个和878个显著差异表达基因（Differentially expression genes,DEGs），对筛选到的DEGs进行基因本体论（Gene Ontology,GO）和京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）功能注释和富集分析发现：睾丸组织中，CHRNA10、PCK1、ADGRD1和KLHL4等基因显著差异表达，DEGs主要参与代谢相关通路（如氯离子通道复合物）及细胞进程；附睾组织中，TTR、FAM237B、SLC5A7和SAA2等基因显著差异表达，发现雄性配子发生、精细胞分化及免疫相关通路（如细胞因子-细胞因子受体相互作用）显著富集。相关性分析表明，IL12RB1、KCNIP4等基因与精子活力、运动参数及睾丸体积呈正相关（P<0.05），而GJB7、SMPDL3B等基因与精子死亡率呈显著负相关。进一步验证显示，RNA-Seq结果与qPCR表达趋势一致。本研究发现睾丸和附睾组织中DEGs通过调控能量代谢、免疫平衡及精子发生等过程影响精液品质，研究结果为解析鸭精液品质的分子机制提供了新依据，并为遗传改良和繁殖性能提升提供了潜在分子标记。