本研究旨在通过转录组学和全基因组重测序技术挖掘与白鸡青胫性状关联的分子标记，初步解析青胫性状遗传机理以支持白鸡青胫特性相关的育种改良。随机选取10只青胫和黄胫的白羽肉鸡通过比较基因组分别对10只青胫鸡和10只黄胫鸡的肌肉组织进行重测序，采用群体间遗传分化指数（Fst）及种群核苷酸多样性（Pi）联合分析，筛选与青胫相关基因的单核苷酸多态性（SNP）位点。对10只青胫鸡和10只黄胫鸡的胫皮进行了转录组测序，并通过GO和KEGG功能富集分析筛选出基因，随后结合相关位点功能进行联合分析。经过重测序分析在常染色体上共找到了41个组间Fst较高（Fst value>0.5）的高可信SNP候选位点，其中有33个位于27个不同基因上，9个基因编码具有磷酸化功能的激酶。在33号染色体的3 100 kb附近，发现一个与青胫特征相关的SNP簇。通过转录组分析发现了青胫组特异性表达的基因包含生成黑色素的关键基因、胶原蛋白基因等，KEGG分析结果表明细胞外基质（ECM）受体互作通路、黏着斑信号通路、黑色素生成通路等是主要的信号通路。对基因组重测序与转录组数据的联合分析发现，转录组中青胫组特异表达基因与SNP所在基因有4个交集基因：Kcnh5,Ptch2,Kiaa0513和Synpo，这4个共有基因可能与青胫性状存在密切联系，其中Kiaa0513极有可能也是E基因座的候选基因。本研究通过重测序和转录组测序筛选了白鸡青胫与黄胫间的差异基因，为白鸡青胫性状改良提供了候选基因，为后续基因定位深入研究提供了理论基础，同时为白鸡的育种提供了新思路。