为探索狮头鹅育肥效果差异的影响机制，本试验选用相同饲养条件下育肥效果不同的100日龄雄性狮头鹅共1 000只，分体型较大组（H组）和体型较小组（L组）。每组随机选取6只雄性狮头鹅，采集其胸腿肌和空肠组织进行H&E染色和相关基因表达分析。结果表明：1)H组胸肌纤维直径大于L组（P<0.05）。2）与L组相比，H组绒毛长度增长（P<0.05），隐窝深度降低（P<0.05），绒窝比提高（P<0.05）。3）在门水平上，H组疣菌门和变形菌门的相对含量高于L组（P<0.05）；在属水平上，H组拟杆菌属和脱硫弧菌属的相对丰度高于L组（P<0.05）。4）革兰氏阴性菌嗜粘蛋白-阿克曼氏菌属与成肌分化基因MyoD、促生长因子Igf-1，以及肠道紧密连接蛋白Zo-1呈正相关（r>0.83,P<0.05）。本文从骨骼肌发育与肠道结构及微生物组成层面，揭示了造成狮头鹅个体差异的影响因素，为优化狮头鹅规模化养殖管理提供了参考。