本研究旨在探究猪饲料转化率（Feed Conversion Ratio,FCR）与肠道微生物组成与结构的关系，为微生物生物标志物的开发和精确营养管理策略的制定提供科学依据。选取44头188日龄左右的皮特兰母猪，依据FCR高低分为高饲料转化率组（High FCR,HFCR）和低饲料转化率组（Low FCR,LFCR），采用16S rRNA测序分析结肠内容物微生物多样性，并与FCR进行关联分析。结果表明：除Chao1指数外，高低饲料转化率组间微生物的Alpha多样性无显著差异。微生物主坐标分析（Principal Coordinate Analysis,PCoA）结果表明，2组间的肠道微生物整体结构存在显著差异。皮特兰猪的核心菌属有普雷沃氏菌科未分类菌属（Uncultured Prevotellaceae）、拟杆菌门未分类菌属（Uncultured Bacteroidetes）、瘤胃球菌科未分类菌属（Uncultured Ruminococcaceae）、狭义梭菌属（Clostridium sensu stricto）。通过LEfSe分析，HFCR组中γ-变形菌纲未培养菌属（Uncultured Gammaproteobacteria）、狭义梭菌属、乳杆菌科未培养菌属（Uncultured Lactobacillaceae）等菌属显著富集，LFCR组则显著富集异普雷沃氏菌属（Alloprevotella）、链球菌属（Streptococcus）、普雷沃氏菌科未分类菌属等。冗余分析进一步揭示，采食量、日增重、栏位和饲料转化率对细菌群落结构有显著影响，其中普雷沃氏菌属、粪杆菌属（Faecalibacterium）、普雷沃氏菌科未分类菌属与FCR为负相关。本研究揭示了皮特兰母猪高、低FCR组结肠微生物群落结构，明确了普雷沃氏菌科相关菌属、粪杆菌属等作为潜在微生物标记与饲料效率改善相关，本研究结果可为进一步开发肠道微生物调控策略、提升猪生产性能提供理论参考。