本试验旨在研究新疆南、北疆地区不同饲养条件下准噶尔双峰驼肠道微生物菌群结构及功能差异。北疆泌乳驼为散养放牧，南疆泌乳驼为舍饲圈养，南北疆各选取6峰6～7岁泌乳双峰驼和6峰8月龄幼驼，通过直肠采集新鲜粪便进行宏基因组测序分析。结果表明：北疆驼肠道菌群的多样性与丰度明显高于舍饲圈养南疆驼，两地区成年驼肠道菌群的多样性与丰富度均高于幼驼。北疆驼肠道中的放线菌门（Actinobacteria）、弯曲菌门（Campylobacterota）、子囊菌门（Ascomycota）及热原体菌门（Thermoplasmatota）丰度高于南疆驼（P<0.05），不动杆菌属（Acinetobacter）和嗜盐单胞菌属（Halomonas）丰度高于南疆驼（P<0.05），而埃希氏菌属（Escherichia）和普雷沃氏菌属（Prevotella）丰度低于南疆驼（P<0.05）。成年驼肠道中双歧杆菌属和乳杆菌属相对丰度低于幼驼（P<0.05）。功能注释显著差异的代谢通路，北疆驼的肠道微生物功能主要参与氮循环、多种有机物降解以及脂肪酸代谢，与营养物质的代谢、解毒和生物合成有关。南疆驼的肠道微生物则与细胞识别、信号传导和免疫应答功能有关。糖苷水解酶（Glycoside Hydrolases,GHs）和糖基转移酶（Glycosyl Transferases,GTs）是双峰驼肠道微生物中降解植物纤维素的主要碳水化合物酶类，但不同饲养条件下相关酶类功能基因相对丰度具有差异。可见，幼驼的肠道正处于发育阶段，双歧杆菌属和乳杆菌属在肠道发育过程中起重要作用。北疆放牧双峰驼肠道中与嗜盐及粗纤维降解有关的微生物相对丰度高，南疆圈养双峰驼的埃希氏菌属和普雷沃氏菌属丰度较高，易导致菌群失衡，引起消化道疾病。本研究结果为新疆各地区双峰驼的饲养与营养代谢等研究提供科学参考。