本研究通过全基因组重测序技术解析坝上长尾鸡的SNP标记特征，并与文昌鸡的基因组数据进行比较分析。文昌鸡以耐热性和肉质优良著称，是热带地区典型的肉用鸡种，具有独特的岛屿驯化特征；坝上长尾鸡的抗寒性和产蛋性能突出，代表寒区蛋肉兼用品种。二者形成南北环境适应与经济性状的鲜明对比，为解析地理隔离和人工选择对基因组的影响、揭示环境适应与重要经济性状的遗传机制提供了理想模型。本研究共鉴定出7 063 535个SNPs，用于进一步分析。通过连锁不平衡和群体结构分析（系统进化树、PCA和admixture）解析群体结构，利用群体分化指数分析挖掘坝上长尾鸡特征位点。结果表明：坝上长尾鸡与文昌鸡在基因组结构上存在显著分群和差异，且具有丰富的特异性位点。基因注释和通路富集分析显示，这些位点显著富集于细胞信号传递、能量供应和生长发育相关通路。本研究结果为解析坝上长尾鸡优异的适应性性状和品种的鉴定与提纯提供了重要的分子标记，为其育种保种及开发利用提供了重要的理论依据。