临武鸭是湖南省特色地方禽种。为了检测临武鸭保种工作的效果，本研究对临武鸭保种场36个家系中公鸭的全基因组重测序数据进行群体遗传结构与遗传多样性的分析与评价。结果显示，共检测到采样群体的SNP位点17 977 584个，经过过滤筛选出合格的单核苷酸多态性SNP位点16 395 922个。群体亲缘关系分析结果显示，多个家系的公鸭个体间亲缘关系较近，主成分分析结果与群体渗透分析结果相似，大部分临武鸭聚类为一群，少数个体单独分布。群体分化程度分析的结果显示，临武鸭亚群之间的群体分化指数（Fst）值均小于0.05。ROH统计分析结果显示，36只临武鸭共检测出3 418个连续性纯合片段ROH,ROH总长度为2 932.46 Mb，基于ROH计算得出的近交系数FROH平均值为0.073。群体遗传多样性分析结果显示，群体的期望杂合度为0.314，观测杂合度为0.297，观测杂合度低于期望杂合度，说明群体内存在一定的近交积累。综上可知，临武鸭保种场的鸭遗传多样性中等，但群体内存在近交事件，后续保种工作需要适当加强外部血缘的引入，合理规划配种方案，减少近交程度。