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中国畜牧杂志

中国畜牧杂志  >>  2025 VOL.61  >>   Issue(10)   >>  96-106

遗传育种

加权基因共表达网络分析筛选奶山羊不同生理阶段乳腺发育的关键候选基因

靳丽娜;郑惠玲;

作者单位:

西北农林科技大学动物科技学院

作者简介:

靳丽娜(2001-),女,青海民和人,硕士研究生,主要从事动物遗传育种与繁殖研究,E-mail:1946512019@qq.com;

通讯作者:

郑惠玲(1969-),女,陕西汉中人,教授,主要从事羊遗传育种和乳腺生物学研究,E-mail:zhenghuiling@nwsuaf.edu.cn;0

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摘要
闭合
本研究通过加权基因共表达网络分析(Weighted Gene Co-expression Network Analysis,WGCNA)筛选奶山羊(Capra hircus)不同生理阶段乳腺发育的关键基因。采用GEO数据库中的GSE185981和GSE97089数据集,包括妊娠晚期(LG)、泌乳高峰期(PL)、泌乳后期(LL)和干奶期(DP)等阶段的转录组数据。利用R语言中的WGCNA包构建共表达网络,并关联模块与生理阶段,筛选出目标模块。选择连接度最高的前30个枢纽基因进行功能富集分析,并通过String网站构建蛋白质互作网络(Protein-protein Interaction Neiwork,PPI Network),使用Cytoscape软件分析出前20个核心基因。比较枢纽基因与核心基因的交集,得出乳腺发育的关键基因:妊娠晚期为KIF20A、CDC6、CDK1等;泌乳高峰期为PTPRZ1、SLC6A11;泌乳后期为MRPS34、MRPS2;干奶期包括TIMP2、ANGPTL2等。本研究结果为奶山羊乳腺发育的分子机制揭示提供了基础。
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期刊名称:中国畜牧杂志

创办日期:1953年

主管部门:中国科学技术协会

主办单位:中国畜牧兽医学会

刊期:月刊

电话:010-62732723;010-82893431;010-62734608

Email信箱:zgxmzz@cau.edu.cn

国内统一刊号:CN 11-2083/S

国际标准刊号:ISSN 0258-7033