代谢组学是对生物体某一特定组分所包含的所有低分子代谢物进行定性及定量分析，并研究其在外界干预或特定生理状态下动态变化规律的一门学科。代谢组学技术已应用于畜禽遗传育种研究，包括重要性状标志性表型指标的筛选与评估、功能基因挖掘与分子调控机制解析、疾病诊断与抗病品种（品系）选育等。本文综述了代谢组检测技术平台及其数据分析与应用方法，以及代谢组检测技术在猪、牛、羊、鸡等主要畜禽物种遗传育种中的研究进展，并对未来研究趋势进行展望，为代谢组学技术应用于畜禽重要性状遗传机制解析与育种技术研究提供参考。