本研究采集阿勒泰白头牛（20头）、哈萨克牛（30头）、新疆蒙古牛（19头）及培育品种新疆褐牛（47头）的mtDNA全基因组数据，并以蒙古国蒙古牛（8头）和内蒙古蒙古牛（13头）为对照，采用Trimmomatic、BWA、Samtools、Picard、MIA等软件对数据进行质控、比对、去重及mtDNA组装，获得各品种mtDNA全序列。分析显示，新疆4个牛品种共检测到71种单倍型和1 392个多态位点，单倍型多样度（Hd±SD）为0.991±0.002，核苷酸多样度（π±SD）为0.005 6±0.000 4。其中，新疆蒙古牛核苷酸多样度最高，其次为阿勒泰白头牛和哈萨克牛，新疆褐牛作为培育品种遗传多样性最低。与周边2个牛品种相比，新疆牛母系遗传多样性相对匮乏，后者共检测到13种单倍型且核苷酸多样度更高。碱基组成分析表明，所有品种A+T含量均超过60%，呈现明显偏倚性。利用MEGA分析遗传多样性并构建ML系统发育树，通过iTOL可视化结合Network绘制单倍型网络图，揭示新疆牛和周边牛均分为普通牛T支系（84.67%）和瘤牛I支系（15.33%），其中新疆牛包含T1-T5、Q及I1a共7...