为进一步了解云南阿尔卑斯奶山羊公羊群体的近交程度和亲缘关系，本研究采用简化基因组测序（GBS）技术对16只阿尔卑斯奶山羊公羊进行测序，经数据质控获得高质量SNPs后，使用Plink v1.90、Gmatrix v2、MegaX v10.0等分析软件进行主成分分析（PCA）、基因型亲缘关系G矩阵构建、FROH近交系数分析、NJ聚类分析等。结果共检测出位于29条常染色体上的高质量SNPs位点93 998个，长纯合片段（ROH）3 893条，平均每条ROH长2 916.90 kb，平均含有111.68个SNPs;16只阿尔卑斯奶山羊公羊被分为5个家系，其中2个家系各有1只公羊，基于ROH的群体平均基因组近交系数为0.288 3，除1只公羊外其余基因组近交系数>0.125，存在较多的近交积累。本研究为今后云南省阿尔卑斯奶山羊保种和合理利用提供了科学依据，对评估群体近交水平，指导优化繁殖和制定育种计划具有积极的意义。