为了在选种选育过程中能够保留真正优秀的种用个体，本研究以144头龙民黑猪、54头河套大耳猪、46头东北花猪（吉花系）、100头民猪和214头东辽黑猪为试验材料，采用PCR和PCR-RFLP方法对650个个体的黑素皮质素受体4基因（Melanocortin-4 receptor,MC4R）和椎体发育同源物基因（Vertnin,VRTN）的突变位点进行基因分型。根据前人研究结果判定每个基因的优势等位基因，计算基因型频率和基因频率，据此判断群体是否处于Hardy-Weinberg平衡状态。结果表明，对于MC4R基因，民猪群体等位基因A为优势等位基因；而东辽黑猪、河套大耳猪和东北花猪群体无多态性，均为GG型；龙民黑猪G为优势等位基因，5个群体均处于哈代-温伯格平衡状态。对于VRTN基因，A等位基因在5个群体中均不占优势，突变频率较低，河套大耳猪、龙民黑猪和吉林花猪符Hardy-Weinberg平衡状态，其余均处于Hardy-Weinberg不平衡状态。以上结果为东北四省黑猪的品种保护与利用以及后续分子遗传标记选育提供了理论基础。