本研究旨在分析东乡花猪遗传多样性并选用适宜的分子选配亲缘系数，从而更好的保护与利用东乡花猪遗传资源。试验使用猪50K液相芯片对240头东乡花猪（19头公猪，221头母猪）进行基因分型，分型结果经质控后用于东乡花猪遗传多样性、遗传结构及群体亲缘系数分析，结果表明：质控后的SNP数量为28935个，个体期望杂合度均值为0.335，个体观察杂合度均值为0.353,SNP多态信息含量均值为0.270。经ROH检测后共发现3 372个ROH片段，平均长度为9.75 Mb，其中4号染色体上的ROH片段最多，11号染色体上的ROH片段数量最少，基于ROH计算的近交系数均值为0.063。部分个体间亲缘关系较近，由于公猪来源较为单一，依据进化树将东乡花猪群体划分为8个母系家系进行管理。东乡花猪母猪与公猪个体间的G矩阵亲缘系数为-0.282～0.736，而基于成对个体之间共享的血缘同源的亲缘系数为0.038～0.413，亲缘系数较高的个体间的评估较为一致，但基于成对个体之间共享的血缘同源的亲缘系数更符合种猪选配的实际评估习惯。本研究通过对东乡花猪进行家系划分与选配，可有效避免东乡花猪近交，维持东乡花猪群体...