本研究旨在从基因组水平探究威宁牛和思南牛的遗传多样性及父系起源，为威宁牛和思南牛的父系种质资源保护与利用提供科学依据。利用全基因组重测序方法和生物信息学方法对20头威宁牛和13头思南牛的Y染色体基因组进行SNP扫描分析，使用已发表的5头黄牛Y染色体基因组作为单倍型对照组，构建Y染色体单倍型NJ树及单倍型网络图。结果表明，20头威宁牛共定义12种Y染色体单倍型，其Y染色体单倍型多样性为0.947±0.034，核苷酸多样性为0.302±0.042，而13头思南牛共确定8种Y染色体单倍型，其Y染色体单倍型多样性为0.936±0.042，核苷酸多样性为0.187±0.082，表明威宁牛的父系遗传多样性明显高于思南牛。NJ树和单倍型网络图表明，20头威宁牛具有Y1(10%)、Y2(25%)和Y3(65%)3种Y染色体单倍型组，Y3单倍型组包括Y3a(45%)和Y3b(20%)2种亚单倍型组，其中Y3a亚单倍型组占优势地位。思南牛具有Y1(15.4%)和Y3(84.6%)2种Y染色体单倍型组，以Y3单倍型组中的Y3a(53.8%)为主要亚单倍型组。在威宁牛和思南牛中均检测到Y1、Y3a和Y3b等3...