本研究旨在挖掘影响新疆驴泌乳性状的候选基因，探究新疆驴泌乳的分子遗传标记。以112头新疆驴为研究对象，测定新疆驴4个泌乳性状即月平均泌乳量（AY）、乳脂率（FP）、乳蛋白率（PP）和乳糖率（LP）表型值，利用PLINK和GEMMA软件对泌乳量及乳成分进行了基于混合线性模型的全基因组关联分析。研究结果显示，AY、FP、PP和LP分别检测到11、95、5、103个SNPs(P<1.0×10-6)。经过基因注释后，2个软件在AY、FP、PP和LP 4个性状中分别注释了18、64、5、173个重合基因。经过与前人文献对比研究，筛选出与新疆驴泌乳性状相关的潜在候选基因，如GPIHBP1、FLII、TOP1MT、TNK1、PLK1、NOTCH1、DRG2、MIEF2、GFPT2、DYRK2。本研究为了解影响驴泌乳性状变异的遗传机制和相关基因提供了重要参考。