农业温室气体排放占全球人为温室气体排放的14.5%，肉牛和奶牛的温室气体排放分别占全球畜牧业排放总量的35%和30%，畜牧生产系统的温室气体减排成为当前研究的热点问题。本研究筛选了不同甲烷排放水平的奶牛，分析了其后肠道微生物群落结构的差异，旨在探索影响奶牛甲烷排放的后肠道微生物因素，并寻找可能的生物标志物。本研究使用激光甲烷探测器（LMD）对泌乳期荷斯坦牛进行甲烷排放大群测定，进而从测定的704头奶牛中筛选出高甲烷排放和低甲烷排放奶牛107头，使用16S rRNA高通量测序技术进行高低组奶牛后肠道微生物的检测，使用QIIME2软件分析高低排放奶牛后肠道微生物组成的差异。结果显示，低排放组和高排放组奶牛后肠道菌群的各项α多样性指数没有显著差异，两组奶牛的微生物群落结构存在显著差异；甲烷排放浓度与后肠道微生物群落结构存在潜在关联，后肠道微生物群落梭菌属和经黏液真杆菌属与甲烷排放水平高低有显著关系。本研究的结果对于选育低甲烷排放奶牛和开发减少奶牛甲烷排放的策略具有重要意义，有助于推动奶业的可持续发展。